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• WFDB库解析

  2018-03-22

  算法

  WFDB  MIT  ECG  python
  • 摘要
  • 引言
  • 主题
    • 代码结构
    • wfdb.io
      • _header
      • _signal
      • annotation
        • 主要方法
      • download
        • 主要方法
      • record
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      • 属性字段列表
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      • 主要方法
    • wfdb.processing
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      • peaks
        • 主要方法
      • qrs
        • 主要方法
  • 附录
    • WFDB数据结构导图
  • 参考

  摘要

  本文对wfdb库（python语言）内部数据结构和处理逻辑进行分析

  ---

  引言

  WFDB库—MIT的针对波形数据库(waveform-database)发布的一个工具。用于读、写、处理WFDB信号和注解。 在WFDB python api文档中对公开的API接口进行了说明，现在工作需要 利用WFDB数据库进行二次开发，需要对wfdb库的内部数据结构和处理逻辑进行分析。本文主要记录wfdb库的内部数据结构和处理逻辑

  主题

  代码结构

  

  • 数据io
    • 头混入_header.py
    • 信号混入_signal.py
    • 标注annotation
    • 下载数据download
    • 记录操作record
  • 绘图plot
  • 数据处理processing
    • 数据基本处理basic
    • 数据对比评估evaluate
    • 心率计算hr
    • peaks
    • QRS计算qrs

  wfdb.io

  

  _header

  

  此文件提供了 记录文件 到 Record对象描述 的双向转换接口

  • FieldSpecification

    用于定义特殊属性的规则。如：数据类型、定界符、依赖、是否必须赋值、读默认值、写默认值。

    在记录、信号、段三个地方使用

  • BaseHeaderMixin

    文件头操作的基混入类

  • HeaderMixin

    单段文件头操作混入类，继承于BaseHeaderMixin

  • MultiHeaderMixin

    多段文件头操作混入类，继承于BaseHeaderMixin

  _signal

  

  此文件提供了 记录文件 到 Record对象信号 的双向转换接口

  信号有两种单位：物理量（mV）和ADC，此文件同时提供了两种单位的相互转换方法

  • SignalMixin

    信号操作混入类。

  annotation

  

  此文件提供了 标注文件 到 Annotation对象 的双向转换接口

  • AnnotationLabel

    用于定义标注label的格式。

  • AnnotationClass

    用于定义标注class的格式。

  主要方法

  序号	方法名	方法描述
  1	rdann	读取标注文件
  2	wrann	写入标注文件
  3	show_ann_labels	显示标注label
  4	show_ann_classes	显示标注class

  download

  download.py没有类，只提供了几个接口，用于下载数据库，或下载单个数据文件

  主要方法

  序号	方法名	方法描述
  1	get_dbs	获取数据库列表
  2	get_record_list	获取数据库中的记录列表
  3	dl_files	下载数据文件

  record

  

  • SignalClass

    用于定义信号类别的格式。

  • BaseRecord

    记录基类。

  • Record

    记录类。继承于BaseRecord, _header.HeaderMixin, _signal.SignalMixin

  • MultiRecord

    多段记录类。继承于BaseRecord, _header.MultiHeaderMixin

  主要方法

  序号	方法名	方法描述
  1	rdsamp	从文件读取wfdb数据
  2	wrsamp	写入wfdb数据到文件
  3	rdrecord	从文件读取wfdb记录
  4	dl_database	下载数据文件

  属性字段列表

  wfdb.plot

  主要方法

  序号	方法名	方法描述
  1	plot_wfdb	绘制record
  2	plot_all_records	绘制文件夹下所有记录文件
  3	plot_items	绘制某一导联的信号

  wfdb.processing

  

  basic

  basic.py没有类，只提供了几个接口，用于数据基础处理

  主要方法

  序号	方法名	方法描述
  1	resample_ann	标注重采样
  2	resample_sig	信号重采样
  3	resample_singlechan	单导联重采样
  3	resample_multichan	多导联重采样
  3	normalize_bound	归一化
  3	get_filter_gain	从滤波系数计算特定频率衰减

  evaluate

  

  • Comparitor 记录对比类。用于对比记录

  主要方法

  序号	方法名	方法描述
  1	compare_annotations	对比标注

  hr

  hr.py没有类，只提供了接口，用于计算心率

  主要方法

  序号	方法名	方法描述
  1	compute_hr	计算心率
  2	calc_rr	计算rr间期
  3	calc_mean_hr	计算平均心率

  peaks

  peaks.py没有类，只提供了接口，用于计算心率

  主要方法

  //todo:

  序号	方法名	方法描述
  1	find_peaks	计算波峰位置
  2	find_local_peaks	计算信号中的最大值位置
  3	correct_peaks	峰值一致性调整

  qrs

  

  • XQRS

    xqrs算法的qrs检测类。

  • Conf

    算法参数配置类。

  • Peak

    峰值记录类。

  • Annotation

    标注记录类。

  • GQRS

    gqrs算法的qrs检测类。

  主要方法

  序号	方法名	方法描述
  1	xqrs_detect
  1	gqrs_detect

  附录

  WFDB数据结构导图

  

  参考

  ---

  • WFDB python源码
  • WFDB python api文档
  Read All

  ---

• 机器学习服务器搭建

  2018-03-16

  JavaScript

  机器学习  TensorFlow  ubuntu16.04  服务器搭建
  • 摘要
  • 引言
  • 主题
    • 安装依赖包
      • 安装系统依赖包
      • 安装python及依赖包
    • 安装显卡1080ti驱动
      • 方式1（手动）

  摘要

  本文讲述如何搭建机器学习服务器及搭建步骤

  引言

  主题

  安装依赖包

  安装系统依赖包

  • 修改apt源

  编辑/etc/apt/sources.list文件为以下内容

      deb http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ xenial main restricted universe multiverse
      deb http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ xenial-security main restricted universe multiverse
      deb http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ xenial-updates main restricted universe multiverse
      deb http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ xenial-backports main restricted universe multiverse
      ##测试版源
      deb http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ xenial-proposed main restricted universe multiverse
      # 源码
      deb-src http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ xenial main restricted universe multiverse
      deb-src http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ xenial-security main restricted universe multiverse
      deb-src http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ xenial-updates main restricted universe multiverse
      deb-src http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ xenial-backports main restricted universe multiverse
      ##测试版源
      deb-src http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ xenial-proposed main restricted universe multiverse
      # Canonical 合作伙伴和附加
      deb http://archive.canonical.com/ubuntu/ xenial partner
      deb http://extras.ubuntu.com/ubuntu/ xenial main
  

  执行sudo apt-get update

  • 安装依赖文件

    sudo apt-get install ssh nfs-common libprotobuf-dev libleveldb-dev libsnappy-dev libopencv-dev libhdf5-serial-dev protobuf-compiler --no-install-recommends libboost-all-dev libopenblas-dev liblapack-dev libatlas-base-dev libgflags-dev libgoogle-glog-dev liblmdb-dev git cmake build-essential
    

  安装python及依赖包

  • 安装pythonsudo apt-get install python3-pip python3-dev python3-tk
  • 修改pip源

  编辑~/.pip/pip.conf文件为以下内容

  [global]
  index-url = https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple
  [install]
  trusted-host=mirrors.aliyun.com
  

  • 安装相关python包

    sudo pip3 install --upgrade pip
    sudo pip3 install --upgrade protobuf
    sudo pip3 install --upgrade numpy
    sudo pip3 install --upgrade matplotlib
    sudo pip3 install --upgrade sklearn
    sudo pip3 install --upgrade scipy ipython
    

  安装显卡1080ti驱动

  方式1（手动）

  • 删除原有驱动

    sudo apt-get remove nvidia-*
    sudo apt-get autoremove
    sudo nvidia-uninstall
    

  • 按组合键Ctrl+Alt+F1进入文本界面

  • 停止依赖显卡的桌面服务sudo service lightdm stop
  • 安装驱动 sudo ./NVIDIA-Linux-x86_64-3xx.xx.run -no-x-check -no-nouveau-check -no-opengl-files

    NVIDIA-Linux-x86_64-3xx.xx.run 为从NVIDIA官网下载的最新驱动

  • 重启桌面服务sudo service lightdm restart
  Read All

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